Het bestuur van GGD Zaanstreek-Waterland bestaat uit een Algemeen Bestuur en een Dagelijks Bestuur. Wethouders van de 7 gemeenten, meestal de portefeuillehouders volksgezondheid, vormen het Algemeen Bestuur van de GGD. Het Dagelijks Bestuur is belast met de dagelijkse aansturing van GGD Zaanstreek-Waterland en bereidt de vergaderingen van het Algemeen Bestuur voor.